Około roku 1740 w Szkocji rozpoczął działalność ruch zielonoświątkowy, propagujący modlitwę w kościołach chrześcijańskich za siebie nawzajem. W 1820 r. James Haldane Stewart opublikował "Wskazówki dla Zgromadzenia Ogólnego Chrześcijan oczekujących wylania Ducha Świętego". Dwadzieścia lat później Ignatius Spencer, nawrócony na katolicyzm, proponuje utworzenie "Unii Modlitw o Jedność".
Św. Wincenty Pallotti († 1850) włączył do wspólnych modlitw intencje misyjne. Umiejscowił tydzień modlitw o jedność chrześcijan w oktawie Objawienia Pańskiego, czyli w dniach 6-13 stycznia.
W 1867 r. w preambule do rezolucji I Międzynarodowej Konferencji Biskupów Anglikańskich "Lambeth" podkreślona zostaje istotna rola modlitwy o jedność chrześcijan. W 1894 r. papież Leon XIII zachęca do praktykowania w okolicach uroczystości Zesłania Ducha Świętego oktawy modlitw o jedność. Już na początku XX wieku, w 1908 r., Paul Wattson inicjuje zwyczaj obchodzenia Oktawy jedności między Kościołami. W 1926 r. Ruch "Wiara i porządek" (Faith and Order) rozpoczyna publikowanie "Wskazówek na Oktawę Modlitw o Jedność Chrześcijan". Francuski kapłan z Lyonu, ks. Paweł Couturier, w 1932 r. podjął praktykę wspólnych modlitw przedstawicieli różnych wyznań chrześcijańskich. W 1958 r. Unité Chrétienne (Lyon, Francja) oraz Komisja "Wiara i Porządek" działająca w ramach Światowej Rady Kościołów rozpoczęły wspólne przygotowywanie materiałów na Tydzień Modlitw. W 1964 r. w Jerozolimie papież Paweł VI oraz patriarcha Athenagoras I odmawiają wspólnie Jezusową modlitwę: "Aby wszyscy byli jedno" (por. J 17).
Sesja plenarna Soboru Watykańskiego II
W 1964 r. Sobór Watykański II wydał dekret o ekumenizmie, w którym podkreślił, iż sercem ruchu ekumenicznego jest modlitwa. Dekret zachęca jednocześnie do praktyki Tygodnia Modlitw. W 1966 r. Komisja "Wiara i porządek" oraz Sekretariat ds. Promowania Jedności Chrześcijan (obecnie Papieska Rada ds. Jedności Chrześcijan) rozpoczynają wspólne przygotowywanie tekstów Tygodnia Modlitw.
Ostatecznie czas Tygodnia Modlitw ustalono na dni od 18-25 stycznia - aby kończył się pamiątką nawrócenia się św. Pawła (25 stycznia). Symbol jest bardzo wymowny. Nawraca się nagle, rzucony na ziemię łaską Bożą, największy wróg chrześcijaństwa u bram miasta, w którym miał za zadanie aresztować i więzić chrześcijan.
Benedykt XVI i przedstawiciele innych wyznań chrześcijańskich podczas spotkania ekumenicznego w Polsce, maj 2006 r. Kościół Chrystusowy bolał zawsze nad skłóceniem swoich dzieci i dążył za wszelką cenę do ich pojednania w Jezusie Chrystusie. Szedł także na daleko idące ustępstwa. I tak np. Kościołom Wschodnim przyłączonym zostawił własny obrządek i język liturgiczny, własny kalendarz, a nawet własne ustawodawstwo. W historii ruchów ekumenicznych odróżnić możemy trzy etapy: wiek III i IV, gdy stała się aktualna sprawa powrotu do Kościoła tych, którzy od niego odpadli z obawy prześladowań (tzw. lapsi); wiek XII-XV to próby pozyskania dla jedności prawosławia; i współczesne kierunki, dążące ku zjednoczeniu rodziny chrześcijańskiej.
Obecnie Światowa Rada Kościołów skupia 286 Kościołów i wyznań chrześcijańskich. Oprócz jednak tej akcji ogólnoludzkiej bardzo żywo toczy się dialog pomiędzy poszczególnymi Kościołami. Utworzone zostały komisje dla rozważenia problemów, które łączą i które dzielą braci odłączonych od Kościoła. W duchu miłości, cierpliwie prowadzi się teologiczne poszukiwanie do uzgodnienia poglądów.
Jedność w różnorodności Dla przykładu: z Kościołem syryjsko-prawosławnym i koptyjsko-prawosławnym obie strony doszły do przekonania, że w dziedzinie tajemnicy natury ludzkiej Chrystusa, która w wieku V była formalną przyczyną rozłamu, używa się wprawdzie różnego języka teologicznego, ale treść tej nauki jest ta sama. Można więc powiedzieć, że obie strony wyznają tę samą prawdę, chociaż Kościół Rzymski ją ściślej może precyzuje. Ze wspólnotą anglikańską uzgodniono wiarę w tajemnicę realnej obecności Chrystusa w Najświętszym Sakramencie, jak też odnośnie do urzędu kościelnego, do którego wchodzi się przez święcenia kapłańskie. W dialogu katolicko-luterańskim nastąpiło znaczne zbliżenie poglądów w tak zasadniczych sprawach, jak: Pismo święte, tradycja, usprawiedliwienie, urząd duchowny, a nawet prymat papieża.